为了提高学生的实践能力，学校十分重视生物医学工程专业实习基地建设，建立与专业招生规模相适应的校内、外实习基地，以校外实习为主。2012—2013年，2009级、2010级共104名学生已顺利完成临床实习。学生普遍认为达到了巩固理论知识、提高实践能力的目的；实习单位对学生的表现也感到满意。校内实习以生物医学工程专业基础实验室和专业实验室为基地，校外实习主要以三甲医院为基地，目前已与中山大学附属第一医院、中山大学孙逸仙纪念医院、中山大学附属肿瘤医院、中山大学附属第五医院、中山大学附属第六医院以及广州医学院附属武警医院等多家医院签订了合作协议，在专业课程实践教学和专业教学等方面发挥很大的作用，为培养生物医学工程专业学生的应用能力、创新能力打下良好的基础。目前已建立的生物医学工程实习基地可满足生物医学工程本科专业的见习和实习，能够保证专业实习的教学质量。